神鬼传奇中可明确归入全新副本内容的，主要有恶灵古堡、光辉神殿、无尽的天梯、水晶灵枢和轮回之海。恶灵古堡偏向剧情探索与机关解谜，光辉神殿属于高端团队副本，无尽的天梯强调单人持续挑战，水晶灵枢采用多入口、多势力路线，轮回之海则融入区域状态和系列副本机制。选择副本时不要只看奖励名称，应先根据队伍人数、天域等级、输出续航和是否熟悉机制来安排顺序。
光辉神殿适合拥有稳定队伍的高战玩家，进入前必须满足三人以上组队和天域等级10级以上两个条件，并准备好恢复药剂与战宠。进入神殿后，先处理西格马西斯和神殿守卫，再挑战守护天使蔷薇，击败后不要急着向前冲，应先完成中殿门前的雕像机关，随后再面对黑暗之神，等光明之神开启彩虹桥后继续推进。队伍中应提前约定承伤、输出和救援顺序，避免所有人集中攻击却无人处理机关；等级刚达到门槛的玩家不宜单独承担首领仇恨，优先跟随熟悉流程的队伍通关。
无尽的天梯更适合单人检验装备和操作，副本由近百层阶梯组成，普通层会出现克制自身属性的魔怪，尾数为5的楼层承担特殊挑战，尾数为0的楼层则安排强力首领。每击败10层首领，可获得对应阶层的纹章装备，层数越高，纹章等级和属性越强；普通怪还会掉落用于重铸纹章的异界星辰。装备不足的玩家应先稳定推进低层，观察属性克制和技能循环后再冲击整十层，不能因为前几层压力较低就连续使用高消耗技能，导致面对首领时缺少恢复手段。
水晶灵枢的关键在于选择进入势力点，而不是单纯提高面板伤害。副本划分为三个互相敌对的势力点，从不同入口进入后，路线、敌人和任务内容都会发生变化；进入前应先确认队伍目标，再统一选择入口，途中避免分散追怪，否则容易同时触发多方敌对单位。该副本还可产出五星召唤兽炎晶之子，适合已经具备稳定清怪能力、希望获取高品质战宠的玩家。官方资料没有给出统一的固定战力线，因此不要把社区流传的单一数值当成必过标准，实际通关效率应以队伍清怪速度和持续作战能力为准。
轮回之海属于领域系列副本的一环，通关重点是拼图收集、区域状态和首领技能处理。每次进入都要优先搜集拼图碎片，完成6次后才能合成神器，并取得后续领域副本的进入资格；地图中的冰蓝魅惑区域可回蓝但会减血，粉红魅惑区域可回血但会减蓝，技能消耗较高的职业更适合在前者短时间爆发，依赖持续治疗和频繁施法的队伍则要控制停留时间。副本内有极乐天马、湮灭守卫者和轮回霸主三名首领，战斗前应保留位移、解控和恢复技能，先观察首领技能再集中输出，不能把两个区域的状态效果当成纯增益使用。